ينطلق الاتحاد في عمله مرتكزاً على عدد من الأهداف الاستراتيجية الهامة والتي يتشكل منها مجموع برامجه العملية لمواجهة التحديات التي يواجهها المزارعون والصيادون في مختلف أماكن تواجده وهي على النحو التالي

الهدف الأول: تعزيز صمود واستدامة سُبل العيش لصغار المزارعين

الهدف الثاني: تعزيز السّيادة على الموارد الطبيعيّة وملائمتها مع التغيرات المناخيّة

الهدف الثالث: تمكين مقدرة الاتحاد على الاستجابة للطوارئ والمتغيرات المختلفة وعدم الاستقرار

الهدف الرابع: حماية حقوق المزارعين الوطنيّة والديموقراطية والدفاع عنها

الهدف الخامس: تعزيز دور الاتّحاد كمؤسّسة وطنية كُفُؤة وفاعلة