تأسس اتحاد لجان العمل الزراعي في العام 1986 استجابة لظروف المزارعين الاجتماعية والاقتصادية الهشة في تلك الفترة والتي اتصفت بهشاشة الوضع الاقتصادي والاجتماعي للمزارعين بسبب سياسات الاحتلال في مصادرة الارض والمياه التي تعززت في بداية الثمانيات لتضر في مصالح المزارعين والفلسطينيين . 

تأسس الاتحاد كمؤسسة اهلية من قبل مجموعة متطوعين ومهندسين زراعيين. تمحورت اولويات الاتحاد في مرحلة البداية في اطار سياسة مقاومة اجراءات الاحتلال الاسرائيلي لتهميش الزراعة وتدمير البنية التحتية للزراعة الفلسطينية. وقد اعتمد الاتحاد في مرحلته الاولى على كوادر متطوعة بشكل كامل، إضافة الى تشكيل لجان زراعية في الضفة الغربية وقطاع غزة بهدف تحديد اولويات المزارعين ومساعدة الاتحاد في تنفيذ برامجه وانشطته المجتمعية .